Два сезона по-късно под ръководството на Мануел Пелегрини "жълтата подводница" стигна до второто място в "Примера", финиширайки зад шампиона Барселона. Специалистите дори начираха отбора - "Малката Барселона" заради агресивния и атакуващ футбол, който практикуваха футболистите на Виляреал.
Сезон 2011/12 дълго ще се помни от феновете на Виляреал. Продажата на някой футболисти, контузиите и най-вече липсата на късмет бяха основен фактор за изпадането на тима от елита. Липсата на продадения в Малага Сантиаго Касорла (на снимката) се чувстваше през целия сезон и играта на отбора в средата на терена куцаше.
Отбора участва в Шампионска лига и още в групите се видя, че нещо не е наред. "Жълтата подводница" записа 6 загуби от 6 мача и напусна турнира с голова разлика 2:14. Възпитаниците на Мигел Анхел Лотина започнаха добре сезона и след осем кръга имаха само две поражения от Барселона и гранада, но и цели четири равенства.
След това последваха две загуби с по 0:3 от Леванте и Реал Мадрид като на "Бернабеу" бе втория решаващ момент за сезона на отбора. След час игра нападателя Джузепе Роси напуска принудително терена, след което се разбира, че италианецът е скъсал кръстни връзки. Контузията изважда от игра реализиралият 32 гола футболист през миналия сезон за около 6 месеца. В началото на месец април Роси започва тренировка и всички фенове на "жълтата подводница" чакат своя любимец да вдигне отбора на крака. Уви, италианският стрелец има малшанса да получи нова тежка контузия, която ще го извади дори и от състава на "Скуадрата" за Евро 2012.
На 28 ноемрви 2011г. започна една от най-лошите серии на Виляреал в "Примера". "Жълтите" не записват успех на сметката си до 5 февруари тази година, когато надиграват Севиля с 2:1. Малко след това положението в тима се усложнява, тъй като губи в три последователни срещи от Сарагоса, Хетафе и Леванте.
След продажата на Касорла и контузиите на Роси и късмета не бе на страната на Виляреал. Клуба губи сумати точки в края на двубоите, които са решаващи за изпадането им от елита. На 15-и април аутсайдера Сантандер си тръгва с точка от "Ел Мадригал" с гол на Акоста в 90-ата минута.
В предпоследния кръг "жълтата подводница" е близо до точка на "Местая", но Жонас Гонсалвеш носи трите точки на Валенсия в заключителните минути на мача. Вчера отново отбора нямаше късмет и Радамел Фалкао в 88-ата минута донесе 15-ото поражение за сезона воденият от Мигел Анхел Лотина тима. За капан на всичко Райо Валекано спечели своя мач срещу Гранада в добавеното време с гол от засада на Раул Тамудо, който праща "Малката Барселона" в "Сегунда".
Виляреал ще трябва да изкара поне една година във второто ниво на испанския футбол, но надали някой се съмнява, че това е бил края на една красива приказка.